In Bamberg existierte während der Herrschaft des Nationalsozialismus keine Universität, sondern eine Philosophisch-Theologische Hochschule (PTH). Zwar war das Studium an der PTH einem Universitätsstudium in einigen Aspekten gleichgestellt, dennoch hatte die PTH nicht den Status einer Universität. Diese Unterschiede in der Organisationsform und dem rechtlichen Status bedingten auch unterschiedliche Formen der Einflussnahme des NS-Regimes auf die verschiedenen Hochschultypen.

Die PTH Bamberg war eine Nachfolgeeinrichtung der ersten Universität Bamberg, die 1647 durch eine Stiftung des Fürstbischofs Melchior Otto Voit von Salzburg gegründet worden war. Der Lehrbetrieb wurde 1648 aufgenommen. Die Lehranstalt bestand zunächst aus einer Philosophischen und einer Theologischen Fakultät und trug den Namen Academia Ottoniana. Später kamen eine Juristische und eine Medizinische Fakultät hinzu, so dass Bamberg um 1773 eine klassische Vierfakultätenuniversität besaß.

Das sogenannte „Universitätssterben“ um 1800 traf auch Bamberg. Im Zuge der Säkularisation wurde die Universität 1803 geschlossen, aber rechtlich nicht aufgehoben. Direkter Nachfolger der Universität wurde das Lyzeum Bamberg, in dem lediglich eine Theologische und eine Philosophie Sektion fortgeführt wurden. Lyzeen waren in Bayern akademische Ausbildungsstätten insbesondere für angehende Theologen, sie dienten aber auch der Ausbildung von Lehrkräften und boten daher ein großes Fächerspektrum an. Das Grundstudium an der PTH befähigte zur Weiterführung der Studien an einer Universität. Die Lyzeen wurden im Jahr 1923 bayernweit offiziell umbenannt in Philosophisch-Theologische Hochschulen – man folgte damit einer bereits gelebten Praxis in der Namensgebung.

In den Kriegsjahren 1939 bis 1945 wurde der Lehrbetrieb durch das NS-Regime ausgesetzt. Aber bereits im Oktober 1945 konnte die PTH Bamberg im Auftrag und mit Genehmigung der amerikanischen Militärregierung den Lehrbetrieb wieder aufnehmen. In der unmittelbaren Nachkriegszeit übernahm die PTH viele Aufgaben der benachbarten Universitäten, so dass – zunächst erfolglos – versucht wurde, ihr auch den offiziellen Status einer Universität zurückzugeben.

1958 kam mit der Gründung der Pädagogischen Hochschule (PH) eine weitere, parallel existierende akademische Einrichtung in Bamberg hinzu. Der Grund war eine weitreichende Reform des Schulwesens, die mit dem neuen Lehrerbildungsgesetz nun auch ein Studium für den Volksschuldienst vorsah und damit zu einer Welle von Gründungen Pädagogischer Hochschulen führte. 

Beide Hochschulen (PTH und PH) wurden 1972 per Gesetz zur Gesamthochschule Bamberg (GH) fusioniert. Die GH bot sowohl Fachhochschul- als auch Universitätsstudiengänge an. Studierende konnten sowohl reine Fachhochschuldiplome als auch Diplome auf Universitätsniveau erwerben. Im Universitätszweig der Gesamthochschule waren auch Promotionen möglich. Die GH war damit eine Teiluniversität mit geisteswissenschaftlicher Ausrichtung, die den bayerischen Landesuniversitäten rechtlich gleichgestellt war.

1979 wurde das Pilotprojekt Gesamthochschule schließlich durch die Staatsregierung wieder eingestellt und die GH Bamberg offiziell wieder zur Universität Bamberg erhoben. Seit 1988 hat die Universität das Recht, als anerkannte Nachfolgeeinrichtung der ersten Universität, ihren alten Namen „Otto-Friedrich-Universität“ wieder zu führen.